당연직 이사로 수정 합의했으나 여전히 지역사회 단독 대학교 총장을 당연직 이사로 포함함으로써 이사장으로 가는 포석을 깔아놓은 것으로 이는 한국해양연구원과 한국해양대학교와의 통폐합을 유도하고 있다"고 연발협은 분석했다.

연발협은 이어 "국가과학기술위원회가 '강소형 연구소'로 출연연 개편을 앞두고 있는 시점에, 대학과 출연연구기관의 통폐합을 논의하는 것은 국가과학기술 정책을 왜곡하고, 국가 해양과학 발전 동력을 상실케 하는 것"이라며 우려를 표했다. 또한 "묶음예산이나 정년연장, 겸직교수 등은 국가위에서 이미 소프트웨어로 진행하고 있는 것으로, 교과부가 이를 마치 큰 당근을 제시하고 있는 듯 호도하고 있다"고 주장했다.

연발협 관계자는 '지난 40년간 해양연은 국내 해양과학기술을 주도해 온 전문연구기관으로, 지금은 세계적으로도 연구성과와 역량을 인정받아 'KORDI'라는 이름 자체가 브랜드가 되고 있다"며, "연구현장의 조속한 안정화와 출연연 선진화를 이룰 수 있도록 기관과 부처의 책임있는 자세를 기대한다"고 말했다.

'한국해양과학기술원 설립 법안'은 지난 7월 박희태 국회의장을 대표로 한 22인의 국회의원이 한국해양연구원과 한국해양대학교, 한국해양수산개발원을 통합해 '한국해양과학기술원'을 설립한다는 내용을 골자로 발의했으나, 통폐합 당사자들의 의견을 단 한 번도 수렴하지 않은 채 일방적으로 강압 추진하려 한다는 여론에 밀려 철회한 바 있다.

이후 교과부는 통합대상 기관 중 한국해양수산개발원을 제외하고 한국해양연구원과 한국해양대학교의 통폐합을 그대로 추진하겠다고 밝힌 바 있다.